1.由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费是否允许在成员公司之间进行分摊？

根据《国家税务总局关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）>的通知》（国税发[2008]116号）第十五条规定：企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司之间进行分摊。

2.税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的应如何处理？

根据《国家税务总局关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）>的通知》（国税发[2008]116号）第十三条规定：主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。

3.税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的应如何处理？

根据《国家税务总局关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）>的通知》（国税发[2008]116号）第十九条规定：税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团成员公司设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照省税务机关的裁决意见扣除实际分摊的的研究开发费。

4.政府财政拨付的研究开发费用，能否在税前扣除？

一、根据《财政部国家税务总局关于财政性资金行政事业性收费 政府基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）规定：企业的不征税收入用于支出形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；企业的征税收入用于支出形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。

二、根据《国家税务总局关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）>的通知》（国税发[2008]116号）第八条规定：法律、行政法规和国家税务总局法规不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。