对在生效日之前开始发生，延续或持续到生效日之后的发票违法行为的处罚。首先要根据原《办法》和新《办法》的规定，分别判断是否均已构成发票违法行为。

对跨越生效日前后，违法行为性质、违法行为种类都相同的发票违法行为，应视最高处罚额度的异同分别给予处罚：

原《办法》和新《办法》最高处罚额度相同的。例如“应开具而未开具发票的”行为，原《办法》和新《办法》都规定可处以1万元以下的罚款。对于这类违法行为，即使是在生效日前后延续或持续发生，也不能分别按原《办法》和新《办法》处以罚款，而只能视为一次违法行为，处以1万元以下的罚款，但可以在最高额度内从重处罚。

新《办法》最高处罚额度高于原《办法》的。原《办法》对代开、转借、转让发票的行为均规定可处以1万元以下罚款。而新《办法》对非法代开及转借、转让发票的行为，均规定分别处以5万元以下的罚款，对情节严重的，处以5万元以上50万元以下的罚款。对于这类性质、种类相同但最高处罚额度不同的违法行为，也不应分为两段处罚，而应将生效日前后发生的数次行为合并为一次违法行为，按新《办法》的规定的罚款额度进行处罚。

原《办法》没有设立处罚规定，而新《办法》认为是违法行为，设立了处罚规定的新《办法》第三十五条第（二）项新增了对“使用税控装置开具发票，未按期向主管税务机关报送开具发票的数据的行为”可处以1万元以下罚款的处罚规定。第三十七条第一款新增了对“让他人为自己虚开发票，介绍他人虚开发票的”行为的处罚；第三十九条第（一）项新增了对“介绍他人转让发票、发票监制章和发票防伪专用品的”行为的处罚，均规定最高给予50万元以下的罚款。

对于上述这类违法行为，根据“不溯及既往”的原则，对行为发生在生效日以前的，不应给予处罚；而对于在生效日以后发生这类行为的，应当依法给予处罚。

值得注意的是，如果行为人的此类行为在生效日以前就有发生，又跨越生效日并在此之后延续或持续实施这些行为的，在作出的处罚告知和处罚决定中，税务机关只需列举生效日以后发生的违法行为，依法给予处罚即可，以免被误为以新法追溯以往的行为，而招致不必要的行政复议、行政诉讼风险。

原《办法》有处罚规定，而新《办法》不认为是违法行为，没有设立处罚规定的一般情形原《办法》第三十六条及《细则》相关条款将“未按规定设置发票登记簿”和“未按规定建立发票保管制度”分别列入未按规定开具发票、未按规定保管发票的行为，规定可处以1万元以下的罚款，但新《办法》取消了对这些行为的处罚规定。该如何适用处罚规定呢？

如，我国刑法第十二条关于溯及力的规定就采取了“从旧兼从轻”的原则。而《最高人民法院关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》（法〔2004〕96号）明确指出：根据行政审判中的普遍认识和做法，行政相对人的行为发生在新法施行以前，具体行政行为作出在新法施行以后，人民法院审查具体行政行为的合法性时，实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定，但下列情形除外：(一)法律、法规或规章另有规定的；(二)适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的；(三)按照具体行政行为的性质应当适用新法的实体规定的。

从法理分析，从旧兼从轻原则是我国处理各种法律问题的一项基本原则，除了刑法适用外，在行政管理和行政处罚涉及的法律问题，也都应当适用从旧兼从轻原则。通过对国家公权力的限制和有利于行为人的法律适用，得以实现对行政相对人的人权及其他合法利益的保障。