一些纳税人取得了合法有效的扣税凭证，并且取得进项税额的项目也不属于《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十四条规定的不允许抵扣的范围，但是一些特定行为差错仍然会造成不允许抵扣这些进项税额。

其一，未按规定时限认证扣税凭证或抵扣进项税额。

根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)和《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》(国家税务总局公告2011年第78号)的规定，在两种情况下不能抵扣进项税额，一是没有按期认证或采集上报信息的扣税凭证，不能申报抵扣进项税额;二是对已经认证或已采集上报信息的扣税凭证，如果是由于规定的客观原因之外的其他原因，造成未按期申报抵扣的增值税进项税额，也不允许申报抵扣。纳税人一定要注意按照规定的时限认证或采集上报信息，并按期申报抵扣增值税进项税额，不要错过认证、采集、抵扣的有效时机。

其二，不符合增值税一般纳税人的管理要求。

根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十九条的规定，有下列情形之一者，应当按照 销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的;应当申请办理一般纳税人资格认定而未申请的。因此，纳税人如果不符合增值税一般纳税人的这些管理要求，那么取得的所有扣税凭证全部都不允许抵扣进项税额。

其三，取得属于虚开的增值税扣税凭证。

根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发〔2000〕187号)、《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发〔1997〕134号)和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》(国税发〔2000〕182号)中涉及虚开发票的有关规定，纳税人如果依据虚开的增值税扣税凭证申报抵扣进项税额，不仅要补缴已经抵扣的税款和加收滞纳金，而且还可能要按照偷税处理并加处罚款。因此，纳税人如果取得属于虚开的增值税扣税凭证，仍然不能申报抵扣进项税额。